アップグレードに失敗して以来、色々試行錯誤しましたが、どうにもならず。
全く別の方法でblogサーバを立ち上げ直すことを決意しました。それは、OSから再インストール。
もちろんバックアップがとれなければ意味が無く、そちらもかなり大変でした。まずは手元のPCでVM環境上にFedora 22をインストール。
その後本番機のMySQLで使っていたDB生データを探しだし、VMへコピー、復元。それからMovable Typeの新規インストールをし、そこからMySQLに復元した過去のblogがしっかり見れることを確認。
何度もOSインストールからMT立ち上げまでテストをし、手順書を作成しました。大変だった...改めてLinuxの勉強になりました。